案情:某县公安局对一起共同盗窃案件立案侦查,以公安局长刁某为首组成侦破小组,查获犯罪嫌疑人甲、乙、丙涉嫌人户盗窃。在侦查过程中,丙聘请的律师肖律师未与丙商量,独立提出本案的侦查员黄某与被害人是同住一个小区的邻居,关系密切,申请其回避。侦查科的科长立即停止了黄某的侦查工作,黄某为了避免别人的闲话也立即退出了侦查活动,侦查科长经审查认为不属于法定回避的理由,驳回了回避申请。接着乙提出申请公安局长回避,理由是公安局长与犯罪嫌疑人的父亲是老战友,关系密切。经上级公安机关作出了回避决定。本案经县检察院起诉至县法院,在审理期间,甲提出书记员张某原是本案侦查人员,后工作调动至法院,不应担任本案书记员;乙提出出庭支持公诉的书记员余某在案件审查起诉过程中曾经和被害人一起吃饭,应当回避;丙提出陪审员牛某相貌凶恶,语气严厉,不应参与案件的审判。审判长吴某当庭决定准许甲回避,驳回甲、丙的回避申请。
问题:本案回避程序有何违法之处?